Les huitièmes de finale et le tableau final de la Coupe de la Ligue seront connus le mercredi 1er octobre. Les huitièmes de finale marqueront l'entrée en lice de l'Olympique Lyonnais et du FC Girondins de Bordeaux, exemptés des seizièmes de finale en qualité de champion et vice-champion de France.

Outre les huitièmes de finale, le tirage au sort définira le tableau final de la compétition.

L'Olympique Lyonnais et le FC Girondins de Bordeaux occuperont respectivement le rang de tête de série n°1 et n°2. Parmi les 14 autres clubs qualifiés, les deux équipes les mieux classées en Ligue 1 à l'issue de la saison de la 2007/2008 seront désignées tête de série n°3 et n°4.

A la manière d'un tableau de tennis ou de celui de la Coupe du Monde, les deux clubs pourront connaître leurs adversaires potentiels au tour suivant.

A l'issue des huitièmes et des quarts de finale, un tirage au sort sera effectué pour savoir qui aura l'avantage de recevoir lors des quarts de finale, puis en demi-finales.