Première partie de l'article Un travail en profondeur
Ces 12 dernières années ont été marquées par une grande instabilité au PSG, entraîneurs, présidents, actionnaires, joueurs et staffs techniques se sont succédés, les saisons se suivant mais ne se ressemblant pas… En témoigne tout d’abord le classement du Paris Saint-Germain depuis 98/99 (voir graphique en première image) : on remarque que le PSG était tantôt bien classé, puis se retrouvait dans le ventre mou, allant jusqu’à jouer le maintien deux années de suite.
1998-2000 : L’après Raï
Après sa victoire en coupe d’Europe, le PSG a connu deux saisons mitigées, mais le capitaine Raï quitte le club sur un nouveau doublé Coupe de la Ligue / Coupe de France pour le Paris Saint-Germain. C’est alors Alain Giresse et Charles Biétry qui reprennent l’équipe laissée par Ricardo et Denisot, et doivent prendre la suite d’une génération dorée qui a tout remporté. Devant faire face à de nombreux départs en retraite ou préretraite (Raï, Roche, Fournier, Le Guen notamment), la tâche s’annonce des plus complexes… Le duo ne tiendra finalement que quelques mois, le premier étant remplacé par Arthur Georges, le second par Laurent Perpère. Mais ces derniers ne firent pas beaucoup mieux et Arthur Georges céda rapidement sa place à Philippe Bergeroo. Le PSG terminera sa saison à une anonyme 9ème place. En conservant la même ossature et malgré le départ de son attaquant vedette (M. Simone), Philippe Bergeroo mena le PSG à la 2ème place du championnat, ainsi qu’en finale de la coupe de la Ligue, pour la première saison du nouveau millénaire.
2000 : Le retour de Luis
Alors que la stabilité semblait revenue (résultats probants, même entraîneur, qualification en Ligue des Champions…), l’effectif du PSG fut complètement chamboulé par de nombreuses arrivées (Déhu, Dalmat, Luccin, Anelka) et alors qu’il devait faire peur, la mayonnaise eu beaucoup de mal à prendre, malgré quelques coups d’éclats (Rosenborg au Parc 7 à 2), les résultats étaient plutôt moyens. Sous la pression du public parisien qui demandait le retour de Luis, Laurent Perpère s’exécuta et démit de ses fonctions Bergeroo pour faire revenir Mr Fernandez. Rapidement, Luis imposa sa marque, son style, et le PSG prit clairement l’accent latin. Le PSG enregistra les arrivées de Pochettino, Heinze, Cristobal, Hugo Leal, et un certain Ronaldinho. Avec un effectif de qualité, Luis arriva à faire de belles choses lors de sa première saison,et termine aux portes de la Ligue des Champions, mais rapidement il dû gérer les égos des joueurs. Notamment celui d'un Ronaldinho, tout juste sacré champion du monde, qu'il n’hésita pas à mettre sur le banc. Malgré une triste 11ème place, cette année sera marquée par les deux victoires 3 à 0 face à l’Olympique de Marseille avec un Ronaldinho flamboyant. Malgré ces coups d’éclats, Luis Fernandez sera démis de ses fonctions, ainsi que Laurent Perpère qui n’aura finalement gagné aucun titre en 5 ans de présidence.
2003-2006 : les dernières années Canal+
C’est le duo Graille/Halilhodzic qui prit les rênes du PSG à ce moment là. Mais devant faire face à certains problèmes financiers, coach Vahid ne pu moduler l’équipe montée par Luis Fernandez jusqu'au transfert de Ronaldinho et Pochettino (environ 40M€) ; le PSG se renforçait alors avec les arrivées de Sorin en prêt, Ljuboja, Boskovic, Déhu et Pauleta pour palier ces départs. Le début de saison fut poussif, mais rapidement un nouvel état d'esprit se dégagea de cet effectif. La solidarité et la combativité affichées par ce groupe avaient marqué les esprits… On se souvient encore de ce Nice – PSG où Alonzo avait été expulsé en se sacrifiant pour empêcher le 2ème but niçois, avant de voir le PSG l’emporter 2 à 1 grâce à des buts de Heinze et de Sorin, symboles de cette mentalité parisienne. Le PSG réalisa d'ailleurs sa meilleure année depuis 2000 en finissant 2ème à seulement 3 points de Lyon, et en remportant la Coupe de France. Mais voilà comme après la 2ème place de 2000, et alors que tout le monde s’attendait à de la stabilité grâce à la qualification en Ligue des Champions, tout sera chamboulé au sein de l'effectif. C’est avec déchirement que certains joueurs (Heinze, Sorin, Déhu) quittèrent l’effectif parisien ; on se souvient de l’image marquante d’un Déhu en larme lors de la finale de la Coupe de France, sifflé par le public parisien pour sa trahison.
Même si le recrutement du PSG est plutôt prestigieux (Rothen, Armand, Yepes), l’effectif reste à reconstruire et la machine aura beaucoup de mal à se relancer. Les joueurs ne s'acclimateront pas au comportement du coach et compareront le Camp des Loges à un camp militaire, tant les entraînements de Vahid Halilhodzic devenaient difficiles. Excédés par les résultats et les mesures de sécurités prises par le président, les supporters s’unissent et entament une grève des encouragements qui aboutira à l’éviction de coach Vahid, puis de Francis Graille, remplacés par Laurent Fournier et Pierre Blayau. Laurent Fournier est alors un jeune entraîneur, mais dispose d’une grande cote de popularité auprès du public parisien. Alors que tout semblait fonctionner pour le PSG et Laurent Fournier, ce dernier fut démis de ses fonctions le 26 décembre 2005, alors que le PSG était 6ème du championnat et à la lutte pour les premières places. C’est le dernier fait d’arme de Canal+ qui annoncera quelques mois plus tard la vente du Paris Saint-Germain en avril 2006. Laurent Fournier est alors remplacé par un dénommé "moustache" qui guidera le PSG vers une peu glorieuse 9ème place, mais remportera tout de même la finale de la Coupe de France face à l'Olympique de Marseille, lors d'une folle soirée de mai.